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本季推出“中国首只无壳孵化小鸡实验”，并向太空发射一枚结合地面观测功能和空间实验功能的公益科普卫星，发布“空间科学实验征集”，号召全民参与科学，培养大众的科学意识和素养。。故事将衔接TV版第三季结局紫悦(Twilight Sparkle)进化为天角兽(Alicorn)加冕成新公主之后的生活，此时水晶帝国的珍贵王冠被偷窃；为了寻回王冠，紫悦公主将接下重责大任，独自前往另一个平行世界；在那里，紫悦将发现平行世界中的穗龙(Spike)变成了一只狗，而自己则变成了有双手也能双腿站立的人类！身分将改为少女高中生，并重新相遇化身为人类版本的小马朋友们……。